تقع في الدور العلوي لمبني الدير وكانت في الأصل باسم كنيسة الميلاد المقدس ، ولكن عندما تغير اسم كنيسة مارجرجس بالدور الأرضي الى اسم الشهيد ماربهنام ، نقلت أنبوبة جسد الشهيد مارجرجس الى الدور العلوي وتغير اسمها من الميلاد المقدس الى مارجرجس وتم تسمية المذبح البحري باسم الميلاد المقدس. شملها التجديد في عهد المعلم إبراهيم الجوهري، وزين الهيكل بمجموعة ثمينة من الأيقونات القبطية النادرة (القرن الثامن عشر)